子宫内膜异位症手术治疗需要8000元左右，若是做腹腔镜下的微创手术治疗，大约需要15000元左右。
子宫内膜异位症是内膜异位到子宫肌层内，被称为子宫腺肌症，异位到卵巢又叫卵巢巧克力囊肿。当女性发生子宫内膜异位症后，月经期时会出现继发性进行性痛经，在此期间应注意适当休息，可以给予止痛片进行缓解，如果是疼痛较严重或者药物治疗效果不好，需要给予手术切除，若是卵巢的巧克力囊肿切除后，容易导致复发。
子宫腺肌症是没有腺肌瘤，需要给予子宫次全切除或者全切术手术治疗，是能够治愈的。
由于子宫内膜异位的位置不同，所以手术的方式也会有很大差异，如果女性是子宫内膜异位到腹壁，而形成的异位结节，这时的手术很小，因为只需要将腹壁切口切开，然后将异位结节清除，再将切口缝合即可。
如果女性是由于子宫内膜异位到卵巢上，而形成卵巢巧克力囊肿，一般都是做腹腔镜手术来进行切除，手术不大，术后恢复时间需要一周左右。
除了根治性手术(子宫切除)外，子宫内膜异位症的复发率是非常高的，其复发率和病情的轻重、治疗方法、随访时间长短等等都有关系。
重症患者复发率是高于轻症患者的，也就是说病情越重，复发越多、复发越快，年复发率在5%到20%之间，五年的累计复发率为40%。使用促性腺激素释放激素激动剂治疗后，轻症患者复发率为37%，重症患者为74%。
单纯药物治疗后复发率是高于手术治疗的，术后应用孕激素并不能减少复发率。根治性手术后雌激素的替代治疗并不会明显增加复发危险。
