受精卵本身质量不好，自然就会被淘汰，这是生化妊娠最常见的原因。受精卵质量好坏一般直接取决于卵子和精子，而这两者的好坏跟备孕夫妻平时日常生活习惯有很大的关系，例如：吸烟、酗酒、熬夜、过劳等都会影响其质量。另外，遗传因素导致受精卵染色体异常也是原因之一。
孕妇卵巢黄体功能不全，会导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床，从而出现生化妊娠。这种情况可通过黄体中期抽血查黄体功能得知。
女性子宫有问题，比如子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等都可能影响受精卵着床，出现生化妊娠。
免疫因素导致生化妊娠分两种情况，具体如下：
同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，与阴道及子宫内膜接触后，通过免疫反应产生抗体物质，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。
自身免疫：带有父方异体抗原成分的胚胎对母体来说是一个异物，母体能产生一种保护性抗体，防止胎儿被母体作为异物排斥。如果母体缺乏保护性抗体，胚胎就会遭到排斥，产生生化或流产。建议验血检查免疫抗体、封闭抗体，必要时可行免疫治疗。
精神因素
女性朋友急着想怀孕，或者经常被家里人催着怀孕，出现心理压力过大，精神过度紧张的现象，也是导致生化妊娠的原因之一。因此，想要怀孕放松心情很重要。
1.发生流产后半年以内要避孕，待半年以后再次怀孕，可减少流产的发生。
2.孕前一定要做孕前检查，特别是激素六项和优生四项(还有白带常规、肝功、肾功、溶血、染色体)
3.急性传染病须待痊愈后一段时间方可怀孕。慢性病病人则应治疗到病情稳定并经专科医生认可后才能怀孕。
4.做免疫抗体和封闭抗体检查，排除因为免疫因素导致的卵子不能受精或者是受精后不能着床。
5.做宫腔镜检查，查看是否有子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响受精卵着床的症状;
6.检查夫妻双方的染色体，排除受精卵有缺陷的可能性;
7.注意作息规律，保持良好饮食习惯，情绪稳定，保持心情舒畅;
8.避免接触有毒物质和放射性物质。
