益生菌是有生物活性的细菌，益生元主要是无生物活性的糖类物质。
益生菌通过调理肠道菌群，维持肠道菌群的平衡，从而促进营养物质的吸收、提高免疫力、预防和治疗便秘及腹泻等。
益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是维持益生菌的“养料”， 促进益生菌的生长繁殖，或者说是益生菌的专享食物。
益生元能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌的生长繁殖。例如，异麦芽低聚糖，就是一种能够促进肠道内双歧杆菌等肠道益生菌生长的优质益生元。
益生元是促进肠道有益菌的生长从而发挥间接作用，益生菌是直接作用。
益生菌是外源细菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种。
益生元主要是低聚糖，是以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等益生菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
在胃部强酸性的环境下，益生菌作为添加的外来细菌，其活性在一定程度上会受到胃酸的破坏，只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效。
而益生元只是一种糖类，而不是生物，不存在存活率的问题。
免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部添加益生菌时，不同体质可能会产生不同的反应。
而对于益生元来说则没有这方面的问题。
益生菌菌株存活环境要求高，对生产和包装工艺都有很高标准要求，益生菌的载体最好是片剂、胶囊和粉末。
益生菌产品必须低温冷藏保存，这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量。如
乳酸制品中的益生菌，一般保质期在1个月内，冷藏温度控制在2~10℃左右。
益生元的生产和保存的工艺则没有这方面的严格要求。
