扁桃体是人体在儿童时期比较活跃的免疫器官，有比较重要的防御作用，但人体的免疫系统有很多的免疫器官，扁桃体只是其中的一小部分。众多的淋巴组织都担负着人体的免疫功能，从理论上来说，切除病变的扁桃体，其他的淋巴组织具有的免疫功能，也可以担负起抵御感染的作用。
国内外的研究显示，儿童切除扁桃体后的一个月，免疫功能会有一定程度的下降，但三个月后，免疫功能就基本恢复正常。
因此，从长期来看，孩子切除扁桃体对免疫功能不会造成严重影响。
1.扁桃体反复发炎，会使孩子呼吸受阻，易出现睡眠呼吸暂停，因此难以进入深睡眠状态，导致生长激素分泌不足，影响生长发育。
2.孩子因睡眠不足，白天昏昏沉沉，记忆力减退，学习成绩下降;大脑长期缺氧，还直接影响智力发育，甚至出现学习障碍、多动等情况。
3.扁桃体长期肥大，还会压迫咽鼓管咽口，引起积液型中耳炎，导致孩子听力下降。使孩子与外界的交流出现障碍、语言发育迟缓。
4.扁桃体炎性肥大的孩子还可能出现愚形面容，即鼻梁塌陷、两眼距离增宽、流口水等，长期如此即可形成上颌牙齿拱龅。
扁桃体是人体免疫系统的一个重要组成部分，其位置及特殊的组织结构，使它在孩子身上起了帮助整个免疫系统成长和刺激产生抗体的作用。儿童时期的扁桃体多呈生理性肥大，是正常现象。
决定是否手术切除应听取专科医生的建议，权衡利弊。如果孩子出现以下症状，就应考虑手术切除：慢性扁桃体炎反复急性发作或并发扁桃体周围脓肿(一年超过3~4次);扁桃体过度肥大，引起儿童鼾症，并妨碍吞咽、呼吸及发声功能;慢性扁桃体炎已成为诱发其他脏器病变的病灶，或与邻近器官的病变有关联。
