一些操作人员的进行人工授精的操作方式欠佳或是操作的手法较为粗暴会给女性造成一些如宫颈管损伤、子宫内膜出血类的伤害，另外，使用的器械不当或者是过于简陋也可能造成这类的损伤及出血。
进行人工授精可能会带来一些如附件炎、盆腔炎类的疾病，这主要是由于受精所采用的精液不能保持绝对的无菌以及一些手术操作不当带入细菌，从而使女性受到细菌感染而引发炎症。
人工授精可能会造成两名或以上的妇女接受同一份精液的受精，这就导致在将来可能出现某些在血缘关系上属于同父异母的男女兄妹相结合，造成遗传性的危害。
如果人工授精时注入精液的速度过快以及数量过多，会造成下腹疼痛。如过快及过量注入宫颈内精液会导致宫颈压力过大而造成宫痉挛性收缩，出现下腹腹痉挛性疼痛。再如过量的把精液注入子宫腔可能使精液从输卵管流入腹腔而造成下腹刺激性的疼痛。
