在怀孕的前10至12周发生的大多数早期流产与遗传异常有关。它们经常发生是因为染色体缺失或过多导致胚胎或胎儿无法正常发育。约50%的偶发性流产都归因于此。
子宫是孕育胎儿的地方，若它有异常也容易导致流产，比如纵膈子宫、子宫内膜息肉、粘膜下子宫肌瘤、宫腔粘连、宫颈机能不全等子宫解剖异常，可以导致约15%-20%的流产。
常见与复发性流产相关的内分泌异常主要包括黄体功能不足、甲状腺功能异常、高泌乳素血症、胰岛素抵抗、高雄激素血症等。对于过度肥胖、消瘦、月经不规则的患者尤其要注意相关内分泌异常的筛查。
妊娠期间，无论是全身性的感染或是生殖泌尿系统局部感染，都可能导致流产。在排除复发性流产的病因时，生殖道衣原体、支原体、分泌物检查就显得十分必要。
易栓症
是指一类可增加血栓栓塞性疾病风险的疾病。由于妊娠期间血液系统出现的特殊改变，导致高凝状态，导致血栓形成的可能性增加，出现在胎盘微小血管内，可能导致胚胎停育、妊娠期高血压疾病、胎盘早剥、胎儿生长受限等情况。若孕妇有这种情况，从孕早期就应开始进行针对性治疗。
在自身免疫所造成复发性流产中，抗磷脂抗体(APL-Ab)和甲状腺自身抗体(ATA)是目前研究认为与复发性流产相关性最大的发病因素。
目前同种免疫型复发性流产仍处于研究阶段，常称之为原因不明复发性流产(URSA)，认为与封闭抗体(BA)缺乏、免疫细胞异常、人类白细胞抗原(HLA)高度组织相容性相关。
有生活方式因素或环境因素会导致或可能导致复发性流产。吸烟和一些休闲药物，例如可卡因，增加了患病风险。每周喝3-5杯酒和每天喝3杯以上的咖啡也可能会导致流产增高。
