孕期尤其是孕早期时，准妈妈服用药物是很容易导致胎儿畸形的，据了解，临床约有2%到3%的先天性畸形是由药物引起。
常见的致畸药物有：某些抗生素(如四环霉素)、抗凝血剂、抗癌药物、镇定剂等。另外激素类药物也会影响胎儿发育。
孕早期的妈妈感染了某些病毒，比如风疹、麻疹、梅毒等，也容易导致胎儿先天性畸形，因此有这样问题的孕妈妈一般会建议流产。
现如今电子产品在生活中是随处可见，虽然便利了生活，但同时也会产生辐射，尤其是X射线，不管是孕前还是孕期都极易导致胎儿发育畸形。
现如今营养不良的孕妇少了，但却容易出现因饮食摄入不均衡导致营养不均的情况，孕期偏爱某一种食物，比如过量食肉、鱼、巧克力、甜食等，可使体液酸化，血中儿茶酚胺水平增高，这样就会间接影响到激素分泌失调，从而增加胎儿发生唇裂、腭裂和其它器官畸形的几率。
据调查，约20% 的胎儿畸形是因为父母的遗传性疾病。当父母染色体异常、或携带突变基因等，胎儿发生畸形的几率也会较高。
