新生儿破伤风后遗症最直接也是最容易导致死亡的是由于痉挛导致的宝宝窒息，是由于喉头呼吸肌持续性痉挛和粘痰堵塞气管所致。
新生儿破伤风另外一个后遗症是肺部感染，喉头痉挛、呼吸道不畅、支气管分泌物郁积、不能经常翻身等都是导致肺炎肺不张的原因。如果是病例比较严重，而治疗又不及时，那么新生儿破伤风即便是治疗好了，宝宝肺部仍然会比正常宝宝脆弱，容易感染。
新生儿患了破伤风之后可能会出现酸中毒，主要是由于呼吸不畅、换气不足而致呼吸性酸中毒，肌强烈收缩、禁食后体内脂肪不全分解，使酸性代谢产物增加造成代谢性酸中毒。
由于缺氧、中毒，可发生心动过速，时间过长后可形成宝宝心力衰竭，甚至发生休克或心搏骤停。这些并发症往往是造成患了破伤风的新生儿死亡的重要原因，应加强防治。
肺炎、脐炎、脐出血、败血症、硬肿症及心力衰竭等都是新生儿破伤风后遗症，同时在发病的时候也是伴随着发生。抽搐频繁，不能咳出呼吸道分泌物，极易造成痰液阻塞。
1、虽然新生儿破伤风是一种严重疾病，过去的病死率很高，但只要我们掌握它的规律，熟悉治疗原则，采用综合疗法，大多数病例还是可以治好的。
2、本病的危险期大概是起病后10天左右，如能度过此期，则由于本病的自限性，破伤风毒素与神经细胞的结合是暂时的，可以恢复的，因此可望痊愈而不致产生后遗症。
