1.宝宝出现有肠道菌群失调的情况，治疗方法主要就是应用一些调理胃肠功能紊乱的益生菌等进行治疗，比方说应用一些合生元或者是妈咪爱等进行调理。
2.注意不要应用抗菌药物，必须有细菌感染的情况下才可以应用抗菌药物，同时抗菌药物不要应用时间过久，避免肠道菌群失调情况的发生。
3.饮食上也要注意，不要吃任何酸辣刺激性的食物，也不要吃太凉的食物，平时注意肚子的保暖。
全身支持治疗
对施行大手术患者，手术前注意补充营养，亦可肌注丙种球蛋白以提高机体免疫机能。也可试用注射转移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等。
病因治疗
如由于巨结肠，胆囊炎引起的肠球菌过度繁殖;维生素缺乏造成的肠球菌减少或消失;小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去病因，然后再扶持正常菌群。
调整菌群治疗
1.饮食调整
发酵性腹泻应限制碳水化合物;腐败性腹泻应限制蛋白质的摄入。增强肠黏膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应增加纤维食物。
2.抗菌药物
立即停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。
3.益生菌制剂
目前常用的益生菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、双歧杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。还可以用正常人大便悬液做成复方活菌制剂用来治疗艰难梭菌引起的伪膜性肠炎，收到较好的效果。
4.益生元制剂
口服益生元制剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌。应用半乳糖甙-果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。
