子宫内膜异位症手术以腹腔镜为首选，具体手术需要怎么做，主要根据病人的症状及疼痛的情况、病灶的大小范围、既往是否做过手术及治疗的情况，还有病人是否有生育需求来决定。
手术分单纯病灶切除手术、全子宫及双附件切除手术、单纯性子宫切除手术及盆底神经的阻断手术四种。单纯病灶切除术适合年龄比较小，有生育需求的病人，这时候在腹腔镜下将肉眼可见的病灶尽可能去除。全子宫加双附件时和年龄较大，没有生育需求的女性。单纯子宫切除术适合年轻，希望保留卵巢功能，但是没有生育需求的女性。盆底神经阻断手术，目前应用已经比较少，术后效果不是特别好。
子宫内膜异位症手术治疗需要8000元左右，若是做腹腔镜下的微创手术治疗，大约需要15000元左右。
子宫内膜异位症是内膜异位到子宫肌层内，被称为子宫腺肌症，异位到卵巢又叫卵巢巧克力囊肿。当女性发生子宫内膜异位症后，月经期时会出现继发性进行性痛经，在此期间应注意适当休息，可以给予止痛片进行缓解，如果是疼痛较严重或者药物治疗效果不好，需要给予手术切除，若是卵巢的巧克力囊肿切除后，容易导致复发。
子宫腺肌症是没有腺肌瘤，需要给予子宫次全切除或者全切术手术治疗，是能够治愈的。
除了根治性手术(子宫切除)外，子宫内膜异位症的复发率是非常高的，其复发率和病情的轻重、治疗方法、随访时间长短等等都有关系。
重症患者复发率是高于轻症患者的，也就是说病情越重，复发越多、复发越快，年复发率在5%到20%之间，五年的累计复发率为40%。使用促性腺激素释放激素激动剂治疗后，轻症患者复发率为37%，重症患者为74%。
单纯药物治疗后复发率是高于手术治疗的，术后应用孕激素并不能减少复发率。根治性手术后雌激素的替代治疗并不会明显增加复发危险。
