初乳中所含有的分泌型免疫球蛋白，可增强婴儿呼吸道和胃肠道细胞的抵抗力。初乳中还含有各种各样的细胞，可直接或间接杀灭细菌。初乳中的乳铁蛋白也具有杀菌能力。分泌型IgA不仅具有杀菌功效，还具有防止异种蛋白从肠道吸收的免疫作用，因而起到预防过敏症的作用。初乳喂养的婴儿结肠内大肠杆菌少，而对身体有益的双歧杆菌占多数。由于大量益生菌的存在，使得病原菌在肠粘膜上很难吸附。
母乳中的优质蛋白比例合理，不易引发婴儿过敏，持续保持恰好的蛋白质含量，可以帮助降低婴幼儿在远期发生肥胖的风险。
迄今为止，从母乳里分离出来的细菌种类超过200余种，含有大量益生菌。这些细菌主要是乳酸菌、双歧杆菌等为代表的益生菌和以葡萄球菌、链球菌为代表的条件致病菌。而母乳中所含的条件致病菌很少，在人体免疫功能正常的情况下，它不致病。益生菌则能够促进神经系统的发育，促进抗敏功能。
婴儿在进食母乳的时候接触到了母亲的乳头粘膜及乳晕皮肤，吸吮时把附着其上的益生菌吞咽到消化道，这些益生菌调节肠道的一些细菌的微生态，起到保护肠道避免过敏的作用。
母乳中有天然益生元
母乳低聚糖“HMO”是母乳中继乳糖、脂肪之后的第三大固体成分，目前发现的HMO种类近200种，结构复杂，只存在于母乳中，是天然益生元。低聚糖就像是益生菌的“肥料”，它可以促进益生菌的繁殖。母乳低聚糖能通过多种间接或直接的方式调控婴儿的肠道菌群，可以预防肠道、呼吸道及泌尿系统的感染。母乳中的低聚糖含量要比牛乳中的高出十到上百倍!
1、新生宝宝吃足初乳。新生宝宝一天喂奶频繁，多达近20多次，尽量不添加奶粉。
2、新妈妈可以吃含有大量益生菌的食物。曾经有母亲吃酸奶使宝宝的湿疹慢慢消褪的例子。酸奶中含有大量的益生菌，妈妈肠道中益生菌增加了，保护了肠道，阻挡了食物中过敏原进入自己体内，这样就间接减少了通过母乳给孩子过敏原的机会，从而有效预防了宝宝发生过敏反应。其他含有多量益生菌的食物有奶酪、酪乳、腐乳及发酵的面食等，燕麦粥、开心果、香蕉等还有大量益生元有利于乳酸菌的生长。
3、妈妈和宝宝慎用抗生素。曾经使用过抗生素，破坏了宝宝肠腔里正常菌群屏障，异常的食物蛋白很容易进入宝宝体内引起过敏。
4、纯母乳喂养。至少给予宝宝四到六个月的纯母乳喂养，如此对宝宝过敏症状的发生有明显的预防作用。
5、哺乳期每天应服用至少500毫克的钙元素，以补充乳汁中钙的流失，同时钙离子调节细胞具有抗过敏反应的作用。
6、大量喝水，每日排便，清洁肠道宿便，促进体内代谢产物排出。
7、必要时在医生指导下服用益生菌如双歧杆菌等。
