有调查发现，剖腹产出生的男宝宝普遍比女宝宝免疫力差，为此也有产科专家对此研究并得出如下结论：女性本身X染色体在数量上要比男性多1个，而该染色体中有免疫球蛋白合成的基因，因此剖腹产出生的女宝宝要比男宝宝健康，更有免疫力。但是，自然分娩的宝宝免疫力却不会有明显差别。在免疫力和抗感染力方面，剖腹产宝宝都处于劣势，继而导致男宝和女宝的体质差异明显。
所谓统合失调症，就是孩子想的和做的不是一回事，他的思维往往无法约束自己的行为，而剖腹产确实是导致孩子统和能力失调的一个原因。胎儿在母体的一举一动和其未来的命运息息相关，胎儿在母体产道的正常生产过程，同时也是第一次大脑和身体相互协调的抚触机会，而剖腹产就剥夺了孩子最先感觉统合锻炼的权利。
其实这些宝宝一般智商测试都可在平均水平之上，但由于一般检查很难发现患有统合失调症，因此很难及时对他们进行恢复治疗，由此造成孩子们身体反应严重异常，知觉机能和注意力障碍，进一步影响孩子自觉能力和自尊心。
据专家分析，剖腹产因产道的改变，使孩子降临人世时的“环境”变化，正常产道生产过程带来的神经接触等感觉破坏，从而使孩子在成长过程中易得多动等神经精神疾病。专家提醒人们不要盲目选择剖腹产，同时还要正确对待多动症孩子，抓紧治疗，理解“环习惯”，多动症状—般能改变。
国外专家曾言明：虽然不能确切知道剖腹产的孩子比自然分娩的宝宝更容易患上哮喘的原因，但是极有可能是因为前者免疫功能以及肺部发育等方面发育不健全。当然，也有可能是因为缺少荷尔蒙分泌。
近年来，患上“湿肺症”的新生儿正逐渐增加。研究表明，在患有该症的新生儿中，超过70%都是经剖腹产出生。倘若病情严重，孩子很可能会死亡。一方面，如果新妈妈剖腹产，那么就没有经过阵痛;另一方面，如果宝宝属于早产，宝宝肺部就没有办法吸收到充足供养的肺内胎水。两者交互影响，就导致剖腹产的婴儿患上严重湿肺症的概率比较大。建议准妈妈为了宝宝的健康，应以自然分娩为优先，而不盲目跟风剖腹产。
如果是剖腹产的话，会用到抑制中枢系统的药物，比如麻醉药，镇痛剂等等，药物会借助胎盘侵入胎宝宝，而这些药物对胎儿是不利的。麻醉药等药品会经2种不同的途径对腹中孩子带来不利：一种是以影响母体循环系统，来扰乱母体与胎儿的气体交换;另一种是直接影响胎儿的氧气供应等系统。
