本品主要不良反应包括消化系统反应(如腹痛、腹泻、恶心、呕吐、食欲减退、口腔溃疡等)、皮肤反应(如皮疹、红斑、瘙痒)和头痛等。
和其它的头孢菌素一样，罕见的不良反应有：
1)过敏反应：包括过敏性反应、血管性水肿、瘙痒症、皮疹、药物引起的发热、血清疾病样反应和风疹等。
2)消化道反应：伪膜性结肠炎及肝损害(包括肝炎、胆汁淤积和黄疽)等。
3)血液学检查：溶血性贫血、白细胞减少、全血细胞减少和血小板减少等。
4)皮肤：多型性红斑、Stevens-Johnson综合症、毒性的表皮坏死症(疹型的表皮坏死症)。
5)泌尿系统：肾功能损害等。
除上述列出的头孢呋辛酯治疗患者观察到的不良反应外，以下不良反应和化验检查变化见于头孢菌素治疗患者：
如嗜酸性粒细胞增多及短暂ALT、AST、LDH升高的报告；
如其它的头孢菌素一样，也罕有黄疸病的报告；
曾有报告在头孢菌素类疗程中出现Coombs’实验阳性的反应，此现象会干扰血液的交叉配合；
肾功能不全、毒性肾病、肝胆管淤积、再生障碍性贫血、溶血性贫血、出血、凝血时间延长、BUN升高、肌苷升高、碱性磷酸酶升高、中性粒细胞减少、血小板减少、白细胞减少、胆红素升高、全血细胞减少及粒细胞缺乏症等。
药物毒理
遗传毒性试验表明，虽然未进行动物的终生研究以评价本品致癌的潜在性，但是在微核实验和细菌突变试验中未发现头孢呋辛酯有致突变作用。
生殖毒性试验表明，大鼠给予本品剂量达1000mg/kg/天，对动物生育力无明显影响；小鼠和大鼠给予本品剂量达32000mg/kg/天，未见本品对胎儿发育的损害。但是动物与人的相关性尚无临床研究的支持。
过量使用会刺激大脑发生惊厥。血液透析法或腹膜透析法可降低本品的血清浓度。
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