馅心月饼，软馅含水分较多，通常只能保存5～7天，存放时间最多不宜超过10天;如果气温超过30摄氏度，月饼存放的时间还应该适当缩短，一般不宜超过7天;至于鲜肉、鸡丝、火腿等月饼，应随买随吃。
月饼含油脂较多，买回后，不宜放在密封容器里久藏，可放在篮子里，盖上干净白纸，挂于阴凉通风处，并注意遮光，以防油脂氧化变质。将月饼带包装盒放入冰箱的冷藏室，在这样的环境中，月饼的保存时间会长一点。准备食用时，提前一小时把月饼取出来，这样才能保证口感。
但月饼毕竟是用面粉、油、糖和果仁等配料精制，并经过焙烤的糕点。尽管对于有些品种的月饼来说，放入冰箱可以延长其保质时间，但还是会影响其风味。这是因为，月饼原料中的淀粉在经过焙烤后熟化，并变得柔软，而在低温的条件下，熟化了的淀粉会析出水分，变得老化(也就是“返生”)，使月饼变硬、口感变差。
月饼保存时，不宜与其他食品、杂物放在一起，以免串味，失去应有的口味和特色。存放期间还要注意防止蟑螂、蚂蚁、老鼠等侵食，以防传染疾病。
