碱性磷酸酶主要存在于肝脏、肠、肾、骨骼等器官中，其数值偏高可能这些器官组织发生了病变，常见的有肝炎、肝硬化、肝占位性病变、阻塞性黄疸、肝癌等，应进一步检查化验确诊。
也有些人碱性磷酸酶高是正常现象，比如孕晚期的妈妈及生长中的儿童，无需处理。
碱性磷酸酶高分生理性和病理性两类，其危害各部相同，具体如下：
1、生理性的碱性磷酸酶高对患者身体无任何危害，是正常现象，不用治疗。
2、病理性的碱性磷酸酶高则一般是疾病引起，且多是肝脏、肠、肾等器官病变，这些都是较为危险严重的疾病，若是不及时治疗，病情加重身体会出现不适，严重的还可致人死亡。
检查发现碱性磷酸酶高先不要着急担心，应再进一步检查，比如B超等来查明病因。若是生理性，比如怀孕期妇女、正在发育期的儿童、骨折、或吃了太多油腻食物所致，是正常反应，不用治疗。
但排除了生理性原因外，剩下的病理性患者，则需要根据不同的疾病，采取不同的治疗方法。比如黄疸型肝炎引起的，可服用熊去氧胆酸治疗，肝囊肿引起的偏高，则需要手术切除或肝移植治疗，肝癌引起的需要化疗或手术切肝或肝移植。
