防弹咖啡饮食会促进脂肪分解，产生大量酮体。这些酮体必须从肾脏排出，过多可能造成肾脏过度负担。酮体在体内堆积则会造成血液酸性增加、钾离子流失、电解质失衡，也就是所谓的「酮酸中毒」。常见的症状包括脱水、呕吐、噁心，严重的话甚至可能影响脑部功能，并造成肾衰竭、昏迷，进而危及生命。
防弹饮食每日碳水化合物的摄取量约30公克，因为碳水化合物摄取不足，人体只好将塬本囤积在体内的脂肪取出进行分解，燃烧脂肪后的代谢物就是酮体。
血液中酮体浓度增加，会促使身体细胞中的钾离子和血中的氢离子进行交换，形成高血钾、身体偏微酸。高血钾容易诱发心律不整;体内细胞氢离子过高、身体偏酸，人体为平衡酸硷度，会促使呼吸加快，增加二氧化碳的排放，同时让氢离子儘快从肾脏排出，增加肾脏的负荷量。
防弹咖啡饮食摄取的油脂增加，会造成肠胃排空减慢，容易出现消化道症状，像是消化不良、腹泻、便秘、胃食道逆流等等。根据统计，吃生酮饮食的人，30%有便秘问题。
防弹咖啡中的奶油(牛油)、椰子油都含大量的饱和脂肪酸、胆固醇，会促使人体血液内胆固醇、叁酸甘油脂浓度增加，提高心血管疾病的风险。
正常人一天要摄取150公克以上的全谷类碳水化合物来维持健康，而防弹开啡饮食法在高油、高蛋白质、低醣饮食的减肥模式下，反而会造成蔬果、糙米等五谷杂粮类的摄取减少，短期内体重虽然减轻了，但长期下来，不但容易快速复胖，身体也搞坏了。
