鱼油当中主要所含的两种脂肪酸EPA及DHA，EPA主要是保护心血管，防止血栓形成;而DHA则是对大脑的营养与眼睛的健康相关。但较少人知道的是EPA：DHA不同比例是会有不同的功效。
心血管防护
心肌梗塞及猝死机率
一则针对11篇期刊整理的回顾性报告中(2篇透过饮食补充深海鱼及另外9篇是使用鱼油补充剂)，EPA:DHA剂量分别从3:2~1:2，平均介入时间长达20个月，显示有效降低30%的心肌梗塞机率、降低30%猝死机率及减少20%整体死亡率[2]。
降三酸甘油脂
EPA及DHA此类Omega-3脂肪酸，其中一项最广为人知的功效就是降低空腹及饭后三酸甘油脂，不管是EPA、DHA或者两者合併都可以降低14-35%的空腹三酸甘油脂，有部分的实验认为DHA的效应是大于EPA的，但是差异其实不是很明显。
改善血压
Omega-3脂肪酸具有提升血管内皮而达到改善血压的作用，DHA在不同的实验模式下(动物或人体)，在降低舒张压及收缩压上的效应都明显比EPA强，此外在提升血管内皮功能上也是DHA有较佳的反应，不过不管是EPA或DHA都具有抗动脉硬化的作用。
心跳调节
心跳的增加是心血管疾病死亡率一项重要的危险因子，一篇2005年的研究给予1600多位健康成人，每天3.5克的Omega-3(同时含有EPA及DHA)补充超过2周，可有效的降低心跳速率。另有研究只有在DHA的组别观察到减少体重过重高血脂男性的心跳频率的效应。
抗发炎
脂肪酸摄取比较多，是具有抗发炎的效应。根据现有的结果显示，EPA及DHA在抗发炎的效应上没有显着差异，而研究实验多以标准鱼的油脂比例EPA:DHA=3:2来做实验的 。
想要透过鱼油保健品达到抗发炎的效应，建议可以摄取比例EPA:DHA=3:2
抗忧郁
目前针对EPA及DHA抗忧郁的研究大多是根据流行病学得出的结果，较多的推论都是认为EPA较DHA更有能力调节对抗忧郁的效应，根据目前现有的证据EPA每日2公克对于严重的成人忧郁情形是有改善效果的。
针对忧郁保健上可以选择EPA含量高的产品。
视力保健
Omega-3 脂肪酸特别是DHA在眼睛视网膜内浓度特别高，因此就有不少研究针对脂肪酸与眼睛相关疾病进行流行病学或介入实验后进行探讨。根据流行病学调查的结果，增加鱼类及坚果类的摄取有助于降低老年性黄斑部病变的风险。
黄斑部病变依照脉络膜新生血管的有无可以分为乾性(佔9成)及湿性黄斑部病变，乾性黄斑部与DHA太少有关;而湿性黄斑部病变同时与EPA及DHA有关，其他的眼部疾病如白内障，没有很足够的证据支持EPA及DHA的摄取具有改善效果。
针对视力保健上可以选择DHA含量高的产品。
认知障碍/失智
流行病学调查发现增加Omega-3的摄取可使思绪较敏捷并降低失智的风险，此外有不少研究也证实在阿兹海默氏症脑部DHA浓度会减少。另外血清中的DHA含量也可做为失智预测的一项独立因子，
2012年一项研究针对中度认知障碍的老年人分成三组，分别是富含EPA组;富含DHA组;富含Omega-6脂肪酸(linoleic acid)组。并分析忧郁症状、生活品质及认知功能的改善，发现忧郁量表的结果EPA或DHA组别都优于Omega-6脂肪酸组，然而说话流畅度及自评身体健康状况时只有DHA组别有明显提升。
针对预防或减缓认知障碍保健上，可以选择DHA含量高的产品。
孕妇及胎儿
孕妇若摄取较多的Omega-6会增加生早产儿的机率，这是因为Omega-6的摄取会合成较多助分娩的类贺尔蒙的物质;相反的摄取较高的Omega-3，孕妇其妊娠时间通常会较长。此外摄取较高量的Omega-6，会增加发生子癫前症(为一种怀孕期间的高血压症状)的风险;而每天2.7 g的Omega-3补充可以延长妊娠时间。
当怀孕第三期母体对于DHA需求量会增加，因为胎儿体内无法合成足够的DHA，许多研究针对孕妇在怀孕第三期或哺乳期间，补充DHA有助于新生儿认知功能的发育、还可提升新生儿的睡眠周期、IQ指数也较高。怀孕后期因为胎儿需要增加会消耗孕妇体内DHA，而此当孕妇体内的DHA降低会增加产后忧郁症的发生率。
以往总是听长辈说，怀孕期间要多吃深海鱼来补充Omega-3脂肪酸，现今反而推荐孕妇从鱼油补充品来获得Omega-3，因为天然深海鱼的来源品质不稳定外，还有机会额外摄取过多的重金属及其他毒性物质。
怀孕期间补充Omega-3(不论是EPA或DHA)是有助于减少怀孕期间可能出现的不良反应，像是减少生出早产儿或子癫前症，而孕妇则可避免产后忧郁症的发生。在针对胎儿脑部发育上则可以挑选DHA含量较高的补充品。
