很多需要补充黄体酮保胎的孕妇是自身胚胎有异常所致。一般来说，这种胚胎该随着孕酮分泌不足而流产的，但若此时用黄体酮保胎成功，导致这些存在先天缺陷的异常胚胎存活下来，最后生下来的孩子很有可能存在先天性缺陷。
孕早期滥用黄体酮保胎，可导致胎儿生殖器官发育异常，造成女胎男性化，男胎可能出现甚至器官畸形，女性胎儿青春期后出现生殖器官肿瘤的概率大。
孕期过量注射黄体酮可能导致很多男性胎儿出现肾盂扩张，甚至出现肾积水，输尿管扩张。对胎儿健康构成极大危害。
妊娠末期滥用黄体酮，会导致体内激素水平过高，由于黄体酮有抑制子宫收缩的作用，则会导致过期妊娠的出现。
