在吃白果前一定要去除外层的种皮和中间的胚芽，白果的种皮含有学界称为“银杏毒素”的致敏原物质,极容易引起生物产生过敏反应(具体机理未完全明确),触碰者可产生局部红肿、脱皮等情况,甚者可导致过敏性休克。
白果的胚芽中可提取出一种含量较高的中性脂溶性物质,具有神经毒性作用,轻者可引起末梢神经过敏、麻痹,严重可致死。
在处理白果时可以将白果放在开水中汆烫一下，这样外层的种皮就会自行脱落，至于中间的胚芽可以用牙签挑出来。
白果不宜生吃，生白果中含有苦杏仁甙，遇水可分解出氢氰酸。氢氰酸的毒性极大，只要几十毫克便能置人于死地。如果要吃生的白果、桃仁或杏仁，应先用热水浸泡，多次换水，然后去皮去尖，煮熟或炒熟，则可使苦杏仁甙分解成无毒的东西，比较安全，但也不宜多吃。
预防白果中毒最重要的一点就是控制好量，白果在医学上的用量是每次3g~9g。5岁的小孩食用白果每次不应超过5粒，成人每次不能超过30粒，否则会有中毒的危险。
