1.从概念上来区分
益生菌是一种存在于人体肠道内的、对人体能够发挥有益作用的微生物，也就是说，益生菌是一种活的细菌。而益生元则是一种膳食补充剂，通过刺激益生菌的生长和活性从而对人体产生有益的影响，换句话说，益生元是益生菌的“食物”，是没有生命的。
2.从作用上来区分
益生菌可以直接作用于肠道，促进蛋白质水解，碳水化合物分解，合成人体所需的B族维生素等，有助于食物消化。但是，益生菌有比较明显的针对性，不同的菌种产生的作用是不同的。而益生元并不能直接对人体起作用，它只能通过喂养益生菌间接促进肠道健康。但是，益生元的作用更加多元，除了能为益生菌提供养料，还能抑制有害菌，降低肠道PH值，促进肠道产生免疫蛋白，提高肠道的免疫力。
宝宝刚从母体出生时，肠道是无菌的，出生以后通过进食，肠道内会逐渐增加细菌，但此时由于宝宝的食物种类有限，宝宝肠道内的细菌也是有限的，因此需要从额外补充益生菌。
也就是说，2-3岁以内的宝宝调理肠胃首选益生菌，因为益生菌的作用更加直接，而且没有益生菌的话，补再多的益生元效果也很有限。
一般来说，奶粉中都含有益生元，如果宝宝没有特殊情况是不需补充益生元的，如果宝宝出现了消化不良、腹泻、免疫力差、反复生病等情况时，可以考虑补充益生元。
1.婴幼儿的胃酸PH值较高，很容易影响益生菌的活性，所以宝宝应该在饭后30分钟补充益生菌会更好。
2.可以用奶瓶给宝宝冲调益生菌，冲调的水温控制在40度左右，水温太高会杀灭益生菌，影响其活性，而且40度的水温也是宝宝能接受的温度。
3.益生菌是为改善肠胃问题提高免疫力用的，当宝宝没有肠胃问题就不需要额外补充。
4.当宝宝生病时可能会用抗生素，抗生素会抑制益生菌，所以在这期间不适合补充益生菌。
