大豆异黄酮作为大豆饮食的一部分，多年来一直被人类食用，具有高安全性，但可能的副作用或不良反应包括肠胃不适、恶心。
对大豆相关制品严重过敏虽然较罕见。然而，若食用后出现任何可能症状，包括：皮肤红疹、瘙痒/肿胀(尤其是脸部,舌头,喉咙)、严重头晕、唿吸困难，请立即寻求医疗协助。
部分研究认长期高剂量大豆异黄酮可能刺激子宫内膜增生，而子宫内膜增生可能与子宫内膜癌有关，但此论点目前仍未经证实。
1、大豆异黄酮的类雌激素能够弥补30岁以后女性雌性激素分泌不足的缺陷，可使女性皮肤光润、细腻、柔滑、充满弹性，焕发青春风采，使女性再现青春魅力。
2、大豆异黄酮还可调节雌激素水平，缓解更年期综合症和改善骨质疏松。
3、大豆异黄酮的雌激素作用影响到激素分泌、代谢生物学活性、蛋白质合成、生长因子活性，是天然的癌症化学预防剂。大豆异黄酮可双向调节雌激素，降低雌激素活性，减少女性因雌激素水平高而患乳腺癌的危险性。
1、服用异黄酮期间尽量不要接触烟酒。因为吸烟 喝酒都会对卵巢的功能产生影响，不利于分泌雌激素，甚至会加重内分泌失调。
2、儿童、青少年、孕妇、哺乳期妇女不宜服用大豆异黄酮。
3、曾对黄豆製品过敏者勿用，可能产生过敏反应。
4、由于异黄酮代谢与肠道菌有关，因此抗生素疗程可能降低异黄酮的生物利用率。
