1、黄连素的主要副作用是可使胃酸过多，即中医所说“苦败胃”。
2、此外黄连素最常见的副作用是便秘，大量应用后偶有恶心、呕吐、皮疹及发热，甚至可能导致横纹肌溶解症及乳酸中毒症。
3、另外黄连素服用过多也有可能会产生耐药性，40岁的张女士每次腹泻都吃黄连素，开始时挺有效，后来效果越来越不明显。最近她腹泻再次吃黄连素，发现几乎没效，赶紧到医院就诊，医生诊断她为肠易激综合征。黄连素可用于部分类型的感染型腹泻。然而，像案例中这样的非感染型腹泻，用黄连素不仅效果不明显，还可能因为抑制肠道分泌而出现便秘、肠内菌群失调等问题。
1、黄连素不宜用茶水送服，。茶水中的鞣酸会沉淀黄连素中的生物碱，大大降低其药效。
2、黄连素只适用于细菌感染的腹泻。对肠易激综合征、溃疡性结肠炎等原因导致的腹泻，服用黄连素是没有作用的。
3、长期大剂量服用黄连素会导致B族维生素吸收障碍，从而引发周围神经炎。所以，如果需要长期服用黄连素，一定要接受医师、药师的正确指导。
4、溶血性贫血患者及葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏患者禁用。
5、妊娠期头3个月慎用。
